Les tribunaux administratifs (halduskohtud) sont des juridictions de première instance qui statuent sur des litiges en matière administrative. Il y a en Estonie deux tribunaux administratifs: Tribunal administratif de Tallinn (région du nord et de l’ouest) et  Tribunal administratif de Tartu (région du sud et de l’est). La localisation et la compétence territoriale des tribunaux administratifs sont fixées par règlement du ministre de la Justice. Chaque tribunal administratif accomplit sa mission dans deux maisons de justice.